Keskaegse krimipõneviku teises filmis ehmatab öövahti kohutav viirastus – rikka kaupmehe traagiliselt uppunud tütar. Hommikuks on vahimees kõrgest tornist surnuks kukkunud ja kahtlastes õnnetustes kaotavad elu veel mitu inimest.
Neid sündmusi uuriva Melchiori teed ristuvad nii lõbutüdruku kui preestriga, nii võõramaa kunstniku kui hullunud ketseriga. Vihjed viivad ta Pirita kloostrisse, mille sünged võlvid varjavad unustusse maetud ohtlikku saladust.
Samal ajal vaevab Melchiorit mõistatus, miks ta armastatu Keterlyn ühtäkki nende kihluse katkestab…
Apteeker Melchiori triloogia põhineb raamatumüügi edetabelite tipust tuntud Apteeker Melchiori romaanidel. Stsenaristid Indrek Hargla, Elmo Nüganen ja Olle Mirme põimisid triloogia teise filmi stsenaariumis raamatust "Apteeker Melchior ja Rataskaevu viirastus" tuntud tegelased ja sündmused täiesti uute ja põnevate, filmi jaoks loodud keerdkäikudega.
Filmi režissöör on Elmo Nüganen (Nimed marmortahvlil, 1944), produtsentideks on Taska Film (O2, Fred Jüssi. Olemise ilu, Talve, Klassikokkutulek, Nimed Marmortahvlil, 1944), Nafta Films (O2, Supilinna salaselts), Apollo Film Productions (Talve, Vanamehe film, Soo ) ja HansaFilm (Tõde ja õigus). Apteeker Melchiori film valmib Eesti-Saksa-Läti-Leedu koostöös, kaastootjateks on Maze Productions Saksamaalt, Film Angels Productions Lätist ja InScript Leedust. Operaator on Mihkel Soe, kunstnik Matis Mäesalu, monteerija Marion Koppel, helilooja Liina Sumera, eriefektide juht Jan Viljus.